โรงเรียนเจนอยุธยาก่อตั้งขึ้นเมื่อปี พ.ศ.2557  นายศิริพงษ์ เกษสุวรรณเป็นผู้รับใบอนุญาตโรงเรียน

เมื่อครั้งรับราชการ  นายศิริพงษ์ เกษสุวรรณเคยเป็นหัวหน้าหมวดวิทยาศาสตร์ หัวหน้าฝ่ายปกครอง และหัวหน้าฝ่ายกิจกรรมที่โรงเรียนนครหลวง "อุดมรัชต์วิทยา" และเป็นเจ้าของโรงเรียนกวดวิชาเจน มีประสบการณ์การสอนนานกว่า 30 ปี และได้สร้างผลงานให้ทางโรงเรียนและโรงเรียนกวดวิชามากมาย ในสมัยที่เปิดสอนที่โรงเรียนกวดวิชาเจนได้สอนนักเรียนให้สอบเข้าโรงเรียนชั้นนำของประเทศ ได้แก่ โรงเรียนเตรียมอุดมศึกษา โรงเรียนมหิดลวิทยานุสรณ์ โรงเรียนกำเนิดวิทย์ โรงเรียนสวนกุหลาบวิทยาลัย โรงเรียนสามเสนวิทยาลัย เป็นต้น

ด้วยความตั้งใจอันดีและผลสำเร็จจากการเปิดโรงเรียนกวดวิชา ทำให้นายศิริพงษ์ตัดสินใจก่อตั้ง "โรงเรียนเจนอยุธยา" ซึ่งเป็นโรงเรียนเอกชนที่มุ่งเน้นการพัฒนานักเรียนด้านวิชาการควบคู่กับคุณธรรม โดยมีจุดมุ่งหมายที่จะพัฒนานักเรียนโรงเรียนเจนอยุธยาให้เป็นคนที่มีความรู้ เป็นคนดี มีความรับผิดชอบต่อสังคม เพื่อที่จะเป็นกำลังสำคัญที่มีส่วนช่วยในการพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมของจังหวัดพระนครศรีอยุธยาและประเทศชาติสืบไป

ในปัจจุบัน นักเรียนโรงเรียนเจนอยุธยาที่สำเร็จการศึกษาในระดับชั้น ม.6 สามารถเข้าเรียนต่อในสถาบันอุดมศึกษาที่มีชื่อเสียงในระดับประเทศ ได้แก่ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ มหาวิทยาลัยศิลปากร เป็นต้น